Tænk, hvis verden, som vi kender den, bare er en illusion, og vores virkelighed faktisk er en computersimulation? Den kritikerroste instruktør Rodney Ascher (Room 237) tager det spørgsmål med sig ned i et kaninhul af videnskab, filosofi og konspirationsteorier. A Glitch in the Matrix søger svaret på de spørgsmål, man næsten ikke tør stille, om vores tilværelse gennem populærkulturens referencer, videnskabelige opdagelser og mennesker, som kan bevidne, at de med al sikkerhed har oplevet ”fejlen i matrixen”.