De frygtløse opdagelsesrejsende fra Disneys tegnefilmshit ”Atlantis: Det forsvundne rige”, er tilbage. Under sidste ekspedition fandt Milo Thatch og hans hold den berømte undervands-by og frelste det mystiske rige og dets indbyggere. Nu gør Milo, Kida og deres hold sig klar til endnu mere spænding. Holdet må forlade Atlantis, da der er opstået problemer over havets overflade, og de opdager, at der er mystiske kræfter på færde. Fra de støvede ørkener i sydvest til de iskolde bjerge i nord – nu sætter holdet kurs mod gigantiske havuhyrer, spektakulære ånder og mægtige legender. Midt i ekspeditionen opdager Kida de utrolige kræfter, som gemmer sig i de fortryllede krystaller fra hendes hjemby, og i sidste ende bliver hun tvunget til at træffe et valg – er det klogest at gemme Atlantis hjerte, eller bør man dele dets lys med resten af verden.