“Bethlehem” fortæller historien om det komplekse forhold mellem en agent for den israelske efterretningstjeneste og dennes kilde, en palæstinensisk teenager. Filmen er en upoleret skildring af mennesker, der splittes mellem rivaliserende loyaliteter og umulige moralske spørgsmål, og den giver et unikt indblik i den menneskelige intelligens' mørke og fascinerende verden.