I Captain Marvel får vi præsenteret en tidsperiode og ikke mindst en kvindelig hovedrolle, som vi ikke tidligere har stiftet bekendtskab med i Marvel Cinematic Universe. Rumvæsenet Vers kommer fra det krigerfolk kree’erne, der arbejder ikke bare i forskellige universer, men forskellige galakser. Skæbnen vil dog, at hun en dag i 1995 må nødlande på planeten Jorden efter en fejlslagen mission. Her møder hun den unge Shield-agent Nick Fury, og sammen med ham må hun fra jorden bruge sine mægtige superkræfter til at stoppe en gruppe rumterrorister ved navn Skrulls. Undervejs i Captain Marvel og Furys kamp for at forhindre en kosmisk krig, dukker der langsomt spor op fra hendes fortid, der muligvis forbinder hende tættere til menneskeheden, end hun nogensinde havde troet.