Året er 1964, St. Nicholas i Bronx, USA. Den karismatiske præst, Fader Flynn, forsøger at bløde op for skolens strenge regler, som længe er blevet håndhævet på strengeste vis af Søster Aloysius Beauvier, den hårdhændede forstanderinde, som går ind for frygt og disciplin. Samfundet står over for store politiske forandringer. Søster Aloysius indleder nu uden skyggen af bevis, ud over hendes moralske vished, en kamp på viljestyrke med Fader Flynn, der truer med at ødelægge samfundet med uigenkaldelige konsekvenser.