Mia er gift med den succesrige skoleleder Frederik, som afsløres i at have begået et alvorligt underslæb. Har han gjort det af egen fri vilje, eller er han blevet ramt af en personlighedsforandring på grund af en hjernesvulst? Mia forsøger desperat at finde ud af, hvad der er sket, og hvilken mand hun egentlig er gift med, og hun vil gøre alt for at redde sit ægteskab og sin familie. Men hvis Mias tre lykkeligste år var sammen med Frederik, mens han var hjerneskadet, hvem var hun så gift med før? Du Forsvinder er en film om at miste fodfæste og sætter fokus på spørgsmålet, om vi har en fri vilje eller er styret af hjernens kemi.