En mystisk, sortklædt revolvermand, El Topo, rider gennem ørkenen med sin søn. Deres mål er ikke indlysende, og deres skæbne ikke udstukket. Turen stopper, da de ankommer til en lille by, plyndret af banditter, som har slagtet indbyggerne. El Topo bestemmer sig for at hævne dem, og endnu mere blod skal flyde. Men det er kun den første af en række brutale hændelser på deres færd.