Med udgangspunkt i det pikante og livsfarlige trekantsdrama mellem den stadigt mere sindssyge Kong Christian VII, kongens livlæge og oplysningsmanden Johann Struensee, og den unge, men stærke Dronning Caroline Mathilde, er 'En kongelig affære' den gribende fortælling om et passioneret, forbudt kærlighedsforhold, som forandrede en hel nation, men også et drama om modige idealister, der risikerede alt for at bane vejen for frihed til et helt folk.