Den militære eliteenhed G.I. Joe fortsætter kampen mod den ondsindede organisation Cobra, som har taget kontrol over USA’s præsident og tilintetgjort G.I. Joe-basen. Samtidig med at de overlevende soldater jages for at have begået forbrydelser mod staten, får de hjælp af organisationens grundlægger Joseph Colton for at tage hævn over Cobra.
Den militære eliteenhed G.I. Joe fortsætter kampen mod den ondsindede organisation Cobra, som har taget kontrol over USA’s præsident og tilintetgjort G.I. Joe-basen. Samtidig med at de overlevende soldater jages for at have begået forbrydelser mod staten, får de hjælp af organisationens grundlægger Joseph Colton for at tage hævn over Cobra.