Harry Potters sjette skoleår ved Hogwarts skole for heksekunst og trylledom kantes af angst og advarsler. Alligevel består han endelig sine lektioner i trylledrik takket være notaterne i den lærebog han har lånt, som en gang tilhørte én person, som blev kaldt for "halvblodsprinsen". Samtidig får han privatlektioner af Albus Dumbledore, som afslører hemmeligheden bag Voldemorts udødelige sjæl.