Chan Wing Yan bliver smidt ud af politiskolen på grund af sin familie, som er indblandet i organiseret kriminalitet. Men politichefen ser en mulighed og tilbyder Yan jobbet som infiltrator i triaden, som styres af Yans halvbror. Samtidig bliver Ming, som har stærke forbindelser til mafiaen, en del af politistyrken. 'Infernal Affairs II' er anden del af den kendte trilogi og fortæller historien, som danner baggrund for den første film.