Engang for længe siden konstruerede mennesker mægtige, flyvende byer i samklang med naturen. Men noget gik galt, og alle bortset fra en – Laputa - blev ødelagt. Men byen forsvandt, årene gik, og mindet om Laputa blev langsomt forvandlet til en legende. Lige indtil nu, hvor både pirater og soldater forsøger at få fat i den unge pige Shiitas halskæde, som de tror kan lede dem til Laputas rigdomme. Da Shiita forsøger at flygte, får hun hjælp af minearbejderdrengen Pazu, og så tager et magisk eventyr sin begyndelse.