I Lost River, en by de fleste allerede har forladt, udspiller der sig en hensynsløs kamp mellem det gode og det onde. Billy, en enlig mor til to drenge, fejes ind i en mørk mareridtsagtig underjord, da hendes ældste teenagesøn Bones opdager en vej, som fører til en skjult undervandsby. For at redde hele familiens liv må både Billy og Bones konfrontere deres egne mørke hemmeligheder.