Mary er ellers en helt almindelig pige, som har svært ved at falde til på landet uden eventyr eller nye venner. Men da hun en dag følger efter en kat, opdager hun en lysende blomst og et gammelt kosteskaft. Kosteskaftet kan flyve og tager hende med over skyerne til en magisk skole for troldmænd og troldkvinder. Skumle planer lurer nu under den fortryllende overflade, mens Mary prøver at finde hendes plads i verden. Den japanske animationsfilm Mary og troldkvindens blomst er baseret på børnebogen The Little Broomstick af Mary Stewart.