Mary er flyttet ud på landet for at bo hos sin grandtante Charlotte. Mary har dog meget svært ved at falde til i sine nye omgivelser, der hverken byder på de store eventyr eller nye venner. En dag forfølger hun en mystisk kat ind i en nærliggende skov, hvor hun opdager et gammelt kosteskaft og en besynderlig lysende blomst. Blomsten viser sig hurtigt at være magisk og før Mary ved af det, flyver kosteskaftet hende højt op over skyerne og afsted til en magisk skole for troldmænd og troldkvinder. Her møder Mary skolens rektor Madam Mumlegøg og den geniale Doktor Dee. Men bag den fortryllende overflade lurer skumle planer om magiske eksperimenter og kræfter, selv ikke den mægtigste troldkvinde kan styre! Filmen er baseret op på bogen ’Katten og kosteskaftet’ af Mary Stewart og er en action-fyldt eventyrsfilm fyldt med magi, fantasifulde verdener, sjove karakterer og en rørende fortælling om en lille pige der leder efter sin plads i verden.