Matilda (Mara Wilson) er en ekstraordinær pige, der er utrolig intelligent. Desværre er hendes forsømmende og meget dumme forældre Harry og Zinnia Wormwood (Danny DeVito og Rhea Perlman) for optaget af deres egne lille liv til at lægge mærke til, at deres datter er et geni. Da Wormwoods endelig giver Matilda lov til at komme i skole, sender de hende til Crunchem Hall, et sørgeligt fængsel, hvor eleverne tyraniseres af rektor Agatha Trunchbull (Pam Ferris). I Crunchems mørke finder Matilda dog den varmhjertede miss Honey (Embeth Davidtz), læreren i første klasse, som opdager pigens usædvanlige evner - inklusiv et talent for vende bordene mod de onde voksne i hendes verden.