Moskva i 1930’erne. En berømt forfatter bliver censureret af den sovjetiske stat: hans roman forbydes, og premieren på hans nye stykke om Pontius Pilatus bliver pludselig aflyst. Inden for få dage er han en paria. Ramt af fortvivlelse begynder han at skrive en ny roman – en dristig satire, hvor djævelen, Woland, ankommer til Moskva for at udøve en surrealistisk og poetisk hævn over dem, der er ansvarlige for forfatterens deroute. Selvom han ved, at værket aldrig kan udgives i Sovjetunionen, opmuntrer hans muse Margarita ham til at skrive det alligevel, uanset konsekvenserne. Filmen væver Bulgakovs roman sammen med hans egen biografi og skaber en fortælling i flere lag, der udspiller sig i tre parallelle tidslinjer: det halvrealistiske Moskva i 1930’erne, det surrealistiske fremtids-Moskva i Mesterens roman og Jerusalem i år 33 e.Kr.