Jean er en ung opfinder, der deltager i en flykonkurrence ved verdensudstillingen i Paris i 1899. Der møder han cirkusartisten Nadia. Jean redder hende fra Grandis, en bandit som forfølger Nadia for at stjæle en gådefuld ædelsten, som hun har rundt om halsen. Efter en flugt befinder Jean og Nadia sig ombord på Nautilus, en mystisk ubåd under kaptajn Nemos befaling. Han tager dem med på et eventyr, de aldrig havde kunne drømme om.