Napoleon Dynamite er en socialt handicappet teenager, som bor i Idaho med sin storebror Kip, deres mormor og lamaen Tina. Broderen er arbejdsløs og bruger tiden på at chatte med "babes". Mormor lever ett dobbeltliv med sine mystiske mandevenner og firhjulstrækkere i ørkenen. Napoleon får to venner i skolen – den generte Deb, som kæmper for at spare sammen til college, og udvekslingsstudenten Pedro.