»Nastyas hjerte« er en film om børn og unges overlevelse under ekstreme forhold. Det er en film om, hvor lidt der skal til for at udsatte børn kan få en normal tilværelse.Mellem grå betonboligblokke og nøgne træer ligger Shelter Fedor - et transithjem og midlertidigt opholdssted for børn, som er flygtet fra deres hjem. Nastya (15) er her, fordi hun er løbet hjemmefra - fra en mor, der er ligeglad med hende og en stedfar, der hader hende. Roma (17) er stukket af fra en psykiatrisk afdeling hvor han var indlagt, fordi han havde sniffet gulvlak. På Shelter Fedor oplever de unge tryghed og faste rammer, og i de få dage Roma er der blomstrer kærligheden mellem ham og Nastya.