I 1981 forsøger en gruppe islamiske ekstremister at omstyrte Egypten. Det lykkedes at slå landets præsident ihjel, men revolutionen udeblev. En af nøglepersonerne møder senere saudiaraberen Osama Bin Laden i Afghanistan, og sammen former de en organisation, som verden ikke har set mage: Terrorbevægelsen Al Qaeda. "På sporet af den hellige krig" følger i tre afsnit sporene fra Al Qaedas terrorhandlinger mod World Trade Center og mod tog i Madrid og London tilbage til Egypten i 1940'erne. Her begyndte bevægelsen, som senere spredte sig til resten af Mellemøsten. Og i sidste ende til det meste af verden. Den hellige krig blev global.