'Øjnenes hemmelighed' er en intens thriller. Ray og Jess er FBI-agenter og udgør sammen med statsanklageren, Claire, et solidt og loyalt efterforskningshold. Men da det ufattelige sker, og de opdager at Jess’ teenagedatter er blevet brutalt myrdet, splittes trioen pludseligt ad. Nu, efter 13 års søgen, finder Ray et nyt spor, som han er overbevist om kan opklare sagen og sætte morderen bag tremmer. Men ingen er forberedt på den chokerende hemmelighed, som nogen har gemt på i alle årene. Fortid og nutid sammenvæves i en næsten uløselig mordgåde, hvor de dunkle grænser mellem retfærdighed og hævn undersøges og rejser spørgsmålet: hvor langt er du villig til at gå for at rette op på en ubegribelig uretfærdighed?