Stemplet som flygtninge af den Føderation, de har aflagt ed på at ville beskytte, vender besætningen på U.S.S. Enterprise pligttro tilbage til Jorden, hvor de står anklaget for regelbrud i forbindelse med redningen af den genoplivede Spock. Men på vej hjem finder de ud af, at Jordens eksistens er truet af en fremmedartet sonde, der kræver svar fra en uddød dyreart. Kirk og hans besætning tager kommandoen over en klingonsk rovfugl og drager ud på en tidsrejse for at redde Jorden og genopdage betydningen af venskab.