Da en mystisk fremmed magt fordamper Jordens oceaner og ødelægger dens atmosfære, må Kirk og hans besætning rejse tilbage i tiden fra det 23. århundrede til San Francisco i 1968 for at redde menneskeheden.
Da en mystisk fremmed magt fordamper Jordens oceaner og ødelægger dens atmosfære, må Kirk og hans besætning rejse tilbage i tiden fra det 23. århundrede til San Francisco i 1968 for at redde menneskeheden.