Irske brødre Connor og Murphy McManus bor og arbejder i Boston. Føler, at Guds vilje til at befri Jorden fra al menneskelig ondskab er blevet givet til dem som en mission, begiver de sig ud for at udføre deres guddommelige gerning. Der høres aldrig nogen offentlig protest, og selv FBI-agent Paul Smecker, som følger deres blodsudgydelse, indrømmer, at drengene gør præcis, hvad han hemmeligt altid har ønsket skulle ske. De risikerer deres liv for deres tro på Veritas (sandhed) og Aequitas (retfærdighed), og Boondock Saints bliver hyldet af offentligheden, fordi de gør godt, hvilket kun få tør indrømme.