I en verden fuld af korruption og grådighed vågner en gådefuld mand i ørkenen. Manden, hvis ydre bærer en slående lighed med Jesus, går mod byen for at finde kost og logi og frem for alt guld. Hans færd fører ham op i et tårn, hvor han møder en alkymist, der påstår at have det, manden søger. Sammen med syv umage følgesvende rejser de mod det hellige bjerg, hvor alkymisten har lovet et højere eksistensstadie. 'The Holy Mountain' er Jodorowskys magnum opus, en surrealistisk gennemgang af det esoteriske, mysticisme og religiøse symboler.