Neo, Morpheus og Trinity er tilbage i den stærke anden del af Matrix-trilogien, og de får selskab af nye forbundsfæller i kampen mod fjenden, der er klonet og opgraderet. Neo forstår, at han har 72 timer til at ødelægge de 250.000 destruktive sonder, som han ved er sendt ud. Han skal også beslutte, hvordan han skal redde Trinity fra den mørke skæbne, som han drømmer vil ramme hende...