'Usynlige piger' er en film om tre piger, der føler sig udenfor og ensomme i skolen. De er i årevis blevet drillet, ignoreret eller har selv trukket sig væk, og nu er deres rolle som outsidere fastlåst. Men Maiken, Maria og Silan er tre stærke piger, som har viljen til at ændre deres situation - ligesom det langsomt i filmen går op for dem, at det ikke er deres egen skyld, at de er udenfor. De mødes på nettet, hvor de skaber en avatar - en figur, der er deres online identitet - og skriver sammen om de problemer, de har til fælles, og de løsninger, de håber på. De støtter hinanden på rejsen mod en erkendelse af, hvem de er, hvem de gerne vil være, og hvordan de skal nå derhen.