For 1000 år opstod der en skade på den sorte krystal - kilden til balance i universet, og verden blev opdelt i de to racer, de onde Skeksis og de fredelige Mystics. De tre soles konjunktion nærmer sig, og krystallen skal repareres, ellers vil mørket herske for evigt. Nu er det op til Jen - den sidste af sin race - at tilbageføre den savnede del af krystallen og tilintetgøre Skeksis' onde imperium.