Oplysninger om CIA-agenters identiteter er blevet stjålet af en tidligere russisk spion. Ethan Hunt får til opgave at forhindre, at informationen bliver solgt på det sorte marked. Men noget går galt og han bliver anklaget for en række mord, han ikke har begået. Under flugten fra de rigtige mordere er han nødt til at klare sig forbi CIA's mest bevogtede computer. For at undslippe og finde frem til sandheden må han hele tiden være et skridt foran sine forfølgere.