Filmen tager tråden op hvor den første Resident Evil sluttede. Et livsfarligt virus er på spil i Raccoon City, og organisationen Umbrella sender et team af sted for at få de overlevende ud og forhindre spredning af virusset. Alice er den ene af de to som overlevede den biokemiske katastrofe. Alice er blevet udsat for biogenetiske eksperimenter og hendes genetik er blevet forandret. Hun har fået overnaturlige kræfter og hendes sanser er blevet skærpet, noget som hun kommer til at få brug for hvis nogen skal slippe væk med livet i behold.