I et afsidesliggende kloster i 1940'ernes Australien driver nonnen søster Eileen (Cate Blanchett) et hjem for forældreløse aboriginalbørn. Midt om natten efterlades en ny dreng - en dreng, der ser ud til at have særlige kræfter. Da klostret modtager et dyrebart relikvie af Kristus på korset, bliver det drengens første møde med Jesus og han er tryllebundet. Men drengens aboriginske spiritualitet står i kontrast til missionens kristendom, og hans mystiske kræfter bliver en trussel. Søster Eileen står over for et valg mellem sine trostraditioner og den sandhed, der er legemliggjort i drengen, i denne historie om åndelig kamp og overlevelsens pris.