Apocalypse Inc. finder hemmeligheden bag Toxic Avengers superheltekræfter – de såkaldte tromatroner – og lokker ham til Japan, hvor han tror, at han skal møde sin far. Men i stedet viser faderen sig at være en stor skurk, som pumper ham fuld af anti-tromatroner, der er lige ved at gøre det af med ham. Imens genindføres ondskabens herredømme i Tromaville. Vil det lykkes Toxie at genvinde sine superkræfter i tide?