En mand, en kvinde og en tidløs, mystisk organisme i en underlig symbiose. Det er, som om de altid har hørt sammen, og deres møde bliver en åbenbaring for dem begge. 'Upstream Color' er en poetisk science fiction-film, der er produceret og instrueret af Shane Carruth, som fik sit gennembrud med tidsrejsemysteriet 'Primer'.