Da Jay undersøger en rutinesag, opdager han et stort, intergalaktisk komplot, som er planlagt af Serleena, et ondt rummonster forklædt som smuk model. Da Serleena tager hele MIB-bygningen som gidsel, er der kun en, som kan hjælpe Jay, nemlig Kay. Kay arbejder nu i posten, lever et roligt familieliv og ved ikke, at han har været agent i MIB - men det finder han snart ud af...
Da Jay undersøger en rutinesag, opdager han et stort, intergalaktisk komplot, som er planlagt af Serleena, et ondt rummonster forklædt som smuk model. Da Serleena tager hele MIB-bygningen som gidsel, er der kun en, som kan hjælpe Jay, nemlig Kay. Kay arbejder nu i posten, lever et roligt familieliv og ved ikke, at han har været agent i MIB - men det finder han snart ud af...